Eestis oli 01.12.2006 seisuga registreeritud üle viiesaja usulise ühenduse, millest enamik kuulub kirikutesse või koguduste liitudesse. Suuremaid kristlikke kirikuid ühendab Eesti Kirikute Nõukogu

Kirikud:

Eesti Evangeelne Luterlik Kirik (164 kogudust)
Eesti Apostlik-Õigeusu Kirik (55 kogudust; www.orthodoxa.org)
Moskva Patriarhaadi Eesti Õigeusu Kirik (30 kogudust; + 1 stavropigiaalne naisklooster (ei kuulu MPEÕK-I)
Eesti Metodisti Kirik (26 kogudust)
Eesti Kristlik Nelipühi Kirik (26)
Eesti Karismaatiline Episkopaalkirik (4 kogudust)
Eesti Karismaatiline Osaduskirik (4 kogudust)
Rooma-Katoliku Kiriku Apostellik Administratuur Eestis (8 kogudust + Ukraina Kreeka-Katoliku Kiriku Kolmekäelise Jumalaema Kogudus Tallinnas; 1 munga- ja 5 nunnakloostrit; )
Eesti Uusapostlik Kirik Eestis (3 kogudust)

Koguduste liidud:

Eesti Evangeelium Kristlaste ja Baptiste Koguduste Liit (83 kogudust)
Adventistide Koguduste Eesti Liit (19 kogudust)
Eesti Evangeeliumi Kristlaste Nelipühilaste Koguduste Liit (3 kogudust)
Eesti Evangeelsete ja Vabakoguduste Liit (6 kogudust)
Eesti Vanausuliste Koguduste Liit (8 kogudust)
Eesti Kristlike Vabakoguduste Liit (Elu Sõna; 7 kogudust)
Eesti Jehoova Tunnistajate Koguduste Liit (4 kogudust)
Taarausuliste ja Maausuliste Maavalla Koda (4 koda)
Eesti Baha'i Koguduste Liit (4 kogudust)

66 üksikkogudust, sh:

Viimse Aja Pühade Jeesuse Kristuse Kiriku Eesti Kogudus
Eesti Juudiusu Kogudus
Eesti Islami Kogudus
Eesti Muhameedlaste Sunniitide Kogudus
Krishna Teadvuse Eesti Kogudus
Tiibeti Budismi Nyingma Eesti Kogudus
Eesti Budistlik Kogudus Drikung Kagyu Ratna Shri Keskus
Kogudus Päikese Hiis
Kogudus Tarbatu Hiis
Eesti Evangeelne Vennastekogudus
Eesti Evangeeliumi Vennasteühing
Eesti Kristlik Ühinemise Kogudus
Armeenia Apostliku Kiriku Eesti Püha Gregoriuse Kogudus