Kohaliku omaalgatuse programm on suunatud kogukonnaliikmete kaasamisele kohalikku arengusse. Mittetulundusühendustele eraldatakse väiketoetusi kuni 50 000 krooni.

Piirkondliku arengu kavandamise programmi eesmärk on aidata kaasa piirkondade arengupotentsiaali maksimaalset ärakasutamist takistavate kitsaskohtade likvideerimisele ja arengueelduste ärakasutamisele, loomaks eeldused ettevõtluse arenguks. 

Maakondliku arendustegevuse programm on suunatud kõigi maakondade konkurentsivõime ja maakondade tasakaalustatud arengu toetamisele ning maavanemale Vabariigi Valitsuse seadusega pandud maakonna tervikliku ja tasakaalustatud arengu eest hoolitsemise pädevuse realiseerimise tagamisele.

Hasartmängumaksust regionaalsete investeeringutoetuste andmise programmmi vahenditest toetatakse regionaalseid investeeringuid hoolekande, õppimise, sportimise ja vaba aja veetmise tingimuste parandamiseks laste, noorte, perede, vanurite ja puuetega inimeste (edaspidi sihtgrupp) jaoks.

Setomaa arengu programm on suunatud Setomaa elujõulisuse jätkusuutlikule säilimisele läbi kohapealse ettevõtluskeskkonna ja inimkapitali arendamise ning piirkonna turunduse, toetudes piikonna kultuurilis-loodusliku eripära kui spetsiifilise arengupotentsiaali rakendamisele.

Vene Föderatsiooni viisa lõivu kompenseerimise 2007.a toetusskeem on suunatud majanduslike barjääride vähendamisele Eesti Vabariigi ja Vene Föderatsiooni vahelise kontrolljoonega lõhestatud seto kogukonna omavahelisel suhtlemisel.

Hajaasustuse veeprogramm on suunatud puhta vee kättesaadavuse parandamiseks hajaasustusega piirkondades.

Kolledžite programmi üldiseks eesmärgiks on toetada ülikoolide regionaalsete kolledžite välja arendamist ja tugevdamist regionaalsete kompetentsikeskustena läbi valdkondliku spetsialiseerumise, tõhustada kolledžite mõju piirkondliku konkurentsivõime kujundamisel võrgustiku ja uute koostööviiside kaudu ning suurendada kolledžite osalust piirkondlikus arendustegevuses.

Peipsiveere programmi eesmärk on aidata kaasa Peipsiveere piirkonna ja vanausuliste kogukonna elujõulisuse säilimisele, toetudes piirkonna kultuurilise ja loodusliku eripära kui spetsiifilise arengupotentsiaali rakendamisele.